ปรงสาคูเป็นพิษต่อสัตว์มาก รวมทั้งมนุษย์ถ้าถูกย่อย[2] อาการทางคลินิกจะเกิดขึ้นภายใน 12 ชั่วโมงหลังการย่อยได้แก่อาเจียน ท้องร่วง อ่อนเพลีย เป็นลม การทำงานของตับล้มเหลว[3]

ทุกส่วนของพืชเป็นพิษ โดยในเมล็ดมีสารพิษที่เรียกว่า ไซคาซิน (cycasin) ในระดับสูง สารพิษนี้ระคายเคืองต่อระบบทางเดินอาหาร ถ้าได้รับในระดับที่มากพอ จะทำให้ตับทำงานล้มเหลว[4] สารพิษตัวอื่นๆ ได้แก่ Beta-methylamino L-alanine ซึ่งเป็นพิษต่อระบบประสาท และสารพิษที่ยังจำแนกไม่ได้อีกมากที่ทำให้เกิดอัมพาตในวัวควาย[5]